Nel 1570 con l'aggiunta di un corpo sul lato orientale venne ampliato verso mare. Nelle nuove sale furono collocate le statue dei protettori delle Compere di S. Giorgio. La prima, in ordine cronologico, è quella di Francesco Vivaldi. Le facciate - principale e laterali - del nuovo corpo furono affrescate tra il 1606 e il 1608 da Andrea Semino (1525-1594) e Lazzaro Tavarone (1556-1641).
Nel 1912 le facciate furono ridipinte da Ludovico Pogliaghi, i cui disegni servirono poi da modello per i lavori di ricostruzione pittorica dei prospetti eseguiti nel 1989 dalla Soprintendenza per i Beni Ambientali ed Architettonici della Liguria.
L'edificio, che all'inizio del XIX secolo - col termine dell'attività del Banco di S. Giorgio - rischiò di essere demolito, fu restaurato nel 1899 dall'architetto di origine portoghese Alfredo D'Andrade che vi intervenne con l'intento di ripristinare l'intero nucleo medievale. D'Andrade riaprì la loggia sul versante di piazza Banchi, con il vestibolo e la sala da lui chiamata del Capitano del Popolo" e La Manica Lunga" e sistemò un nuovo portale sul lato a mare. Lo scalone d'onore fu aggiunto dell'architetto Marco Aurelio Crotta. Dal 1904 il palazzo è proprietà del Consorzio Autonomo del Porto di Genova, oggi Autorità Portuale.